El Real Jardín Botánico Juan Carlos I de la Universidad de Alcalá ha sido reconocido por el Convenio CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) como institución que busca preservar la conservación de especies de fauna y flora silvestres controlando su comercio. Este reconocimiento implica el registro y la legalización de las especies que forman parte del Jardín Botánico, así como la posibilidad de exportarlas siempre con fines científicos y de investigación con otros jardines botánicos e instituciones parecidas de todo el mundo, ya que el CITES obliga a que todos los animales y plantas silvestres estén documentadas y se conozca su origen y destino, para que todo el proceso sea realizado de una manera sostenible con el medio ambiente y no se ponga en peligro su supervivencia. Algo muy importante para proteger a las especies en peligro de extinción y regular el comercio de las especies amenazadas o en peligro de estarlo. 

Toda esta protección se extiende a animales y plantas, vivos o muertos, sus derivados o productos que los contengan, es decir, también se protegen las pieles, marfiles, caparazones, instrumentos musicales, semillas, extractos para perfumería, etc. elaborados a partir de especímenes incluidos en el Convenio.

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